認定標準不同

高新技術企業(yè)認定后，在地方稅務局備案后，企業(yè)所得稅由原來的25%降低為15%。企業(yè)必須每年在國家稅務局做高新技術企業(yè)備案，通過后，才可以享有到政策優(yōu)惠。軟件企業(yè)認定，在國家稅務局備案后，自獲利年度起，第1年和第2年免征企業(yè)所得稅，第2年至第5年減半征收企業(yè)所得稅。享有完5年優(yōu)惠后，不會再享有任何企業(yè)所得稅政策優(yōu)惠(包含高新企業(yè)政策優(yōu)惠)，企業(yè)所得稅按照25%征收。

軟件企業(yè)的認定標準

1、在我國境內依法設立的企業(yè)法人；

2、以計算機軟件開發(fā)生產、系統(tǒng)集成、應用服務和其他相應技術服務為其經營業(yè)務和主要經營收入；

3、具有一種以上由本企業(yè)開發(fā)或由本企業(yè)擁有知識產權的軟件產品，或者提供通過資質等級認定的計算機信息系統(tǒng)集成等技術服務；

4、從事軟件產品開發(fā)和技術服務的技術人員占企業(yè)職工總數的比例不低于50％；

5、具有從事軟件開發(fā)和相應技術服務等業(yè)務所需的技術裝備和經營場所；

6、具有軟件產品質量和技術服務質量保證的手段與能力；

7、軟件技術及產品的研究開發(fā)經費占企業(yè)年軟件收入8％以上；

8、年軟件銷售收入占企業(yè)年總收入的35％以上，其中，自產軟件收入占軟件銷售收入的50％以上；

9、企業(yè)產權明晰，管理規(guī)范，遵紀守法。

高新認定標準不同

1、企業(yè)申請認定時須注冊成立一年以上；

2、企業(yè)通過自主研發(fā)、受讓、受贈、并購等方式，獲得對其主要產品（服務）在技術上發(fā)揮核心支持作用的知識產權的所有權；

3、對企業(yè)主要產品（服務）發(fā)揮核心支持作用的技術屬于《國家重點支持的高新技術領域》規(guī)定的范圍；

4、企業(yè)從事研發(fā)和相關技術創(chuàng)新活動的科技人員占企業(yè)當年職工總數的比例不低于10%；

5、企業(yè)近三個會計年度（實際經營期不滿三年的按實際經營時間計算，下同）的研究開發(fā)費用總額占同期銷售收入總額的比例符合如下要求：

a.近一年銷售收入小于5,000萬元（含）的企業(yè)，比例不低于5%；

b.近一年銷售收入在5,000萬元至2億元（含）的企業(yè)，比例不低于4%；

c.近一年銷售收入在2億元以上的企業(yè)，比例不低于3%；

其中，企業(yè)在中國境內發(fā)生的研究開發(fā)費用總額占全部研究開發(fā)費用總額的比例不低于60%；

6、近一年高新技術產品（服務）收入占企業(yè)同期總收入的比例不低于60%；

7、企業(yè)創(chuàng)新能力評價應達到相應要求；

8、企業(yè)申請認定前一年內未發(fā)生重大、重大質量事故或嚴重環(huán)境違法行為。

有效期限和年審規(guī)定不同

1、高新技術企業(yè)有限期為三年，三年復審，第六年重新認定。擬認定的高新技術企業(yè)每年按照相關規(guī)定報統(tǒng)計和科委備案，同時在地方企業(yè)所得稅減免所辦理減免備案。

2、軟件企業(yè)實行每年年檢，根據軟件企業(yè)管理辦法規(guī)定的指標和資料，提供相關資料，每年的六月份之前辦理軟件企業(yè)年檢，如果通過了，可以享受上一年度的企業(yè)所得稅減免，如果沒有通過，不能享受企業(yè)所得稅減免。

所享受的企業(yè)所得稅優(yōu)惠不同

1、高新技術企業(yè)認定后，在地方稅務局備案后，企業(yè)所得稅由原先的25%減少為15%。企業(yè)需要每年在稅務局做高新技術企業(yè)備案，通過后，才能享受到優(yōu)惠政策。

2、軟件企業(yè)認定，在稅務局備案后，自獲利年度起，年和第二年免征企業(yè)所得稅，第三年至第五年減半征收企業(yè)所得稅。享受完五年優(yōu)惠后，不再享受任何企業(yè)所得稅優(yōu)惠政策（包括高新企業(yè)優(yōu)惠政策），企業(yè)所得稅按照25%征收。

所享受的其他優(yōu)惠政策不同

（一）高新技術企業(yè)可享受的其他優(yōu)惠政策：

1、經認定的國家高新技術企業(yè)，在部分園區(qū)可獲得1-20萬元的獎勵；

2、經認定的國家高新技術企業(yè)為開發(fā)新技術、新產品、新工藝發(fā)生的研究開發(fā)費用，未形成無形資產計入當期損益的，在按照規(guī)定據實扣除的基礎上，按照研究開發(fā)費用的50%加計扣除；形成無形資產的，按照無形資產成本的150%攤銷；

3、經國家科委認定的高新技術企業(yè)，包括但不限于在國家的一些扶持項目申報上有幫助，有的項目申請還強制要求必須有國家高新資質才能申請；

（二）軟件企業(yè)可享受的其他優(yōu)惠政策：

1、軟件產品登記后，對增值稅一般納稅人銷售其自行開發(fā)生產的軟件產品，按13%的法定稅率征收增值稅后，對其增值稅實際稅負超過3%的部分實行即征即退政策。

2、軟件企業(yè)認定后，在我國境內設立的軟件企業(yè)可享受企業(yè)所得稅優(yōu)惠政策。2012年1月1日以后創(chuàng)辦軟件企業(yè)經認定后，自獲利年度起，享受企業(yè)所得稅“二免三減半“的優(yōu)惠政策。

3、軟件生產企業(yè)實行增值稅即征即退政策所退還的稅款，由企業(yè)用于研究開發(fā)軟件產品和擴大再生產，不作為企業(yè)所得稅應稅收入，不予征收企業(yè)所得稅。

4、經認定的軟件生產企業(yè)的工資和培訓費用，可按實際發(fā)生額在計算應納稅所得額時扣除。