北京兒童醫(yī)院兒童保健中心設(shè)有新生兒行為測查、嬰幼兒撫觸、小兒生長發(fā)育及精神發(fā)育測評、兒童營養(yǎng)評價，聽力篩查、視力篩查、超聲骨密度檢查、超聲骨齡檢查、智力篩查、智力測評、0-1歲52項神經(jīng)運動檢查、氣質(zhì)測評、鉛損傷篩查、血鉛測查、微量元素測評、血常規(guī)測查、25羥維生素D檢測、注意力測評與訓(xùn)練、孤獨癥測評、人體成分測查、早期發(fā)育訓(xùn)練、語言測評、語言障礙訓(xùn)練、保健咨詢以及健康教育，兒童免疫規(guī)劃等多項與保健相關(guān)的服務(wù)，同時也可接納幼兒園、中小學(xué)生集體兒童的健康體檢工作。其中，小兒生長發(fā)育與營養(yǎng)、精神發(fā)育測評與早期干預(yù)是中心的工作重點及亮點。

北京兒童醫(yī)院保健中心還承擔(dān)著首都醫(yī)科大學(xué)兒科系學(xué)生兒童保健部分的教學(xué)工作。并曾多次承擔(dān)世界衛(wèi)生組織、兒基會以及國際多中心合作等項目工作。

北京兒童醫(yī)院技術(shù)力量雄厚。擁有重點學(xué)科兒科學(xué)，國家兒童腫瘤監(jiān)測中心、國家呼吸系統(tǒng)疾病臨床醫(yī)學(xué)研究中心、國家中西醫(yī)協(xié)同旗艦醫(yī)院試點單位等12個平臺，8個國家臨床重點專科，5個北京市重點實驗室，2個北京市級研究平臺以及16個市級醫(yī)療中心。醫(yī)院設(shè)有疑難罕見病例會診中心和遠(yuǎn)程會診中心，兒科疑難重癥疾病的診斷水平居國內(nèi)地位，是中華醫(yī)學(xué)會兒科學(xué)分會、兒外科分會，中國醫(yī)師協(xié)會小兒外科醫(yī)師分會，中華護(hù)理學(xué)會兒科專業(yè)委員會主任委員單位。

北京兒童醫(yī)院擁有教育部兒科學(xué)國家重點學(xué)科和教學(xué)團隊，是首都醫(yī)科大學(xué)兒科醫(yī)學(xué)院和兒科學(xué)系所在地，現(xiàn)有教授、副教授116人，承擔(dān)著本科及博士、碩士研究生、七年制兒科專業(yè)，護(hù)理大專及繼續(xù)醫(yī)學(xué)教育等多層次教學(xué)任務(wù)，并設(shè)有博士后流動站，每年為社會輸送大量兒科人才。