北京兒童醫(yī)院兒童保健中心設有新生兒行為測查、嬰幼兒撫觸、小兒生長發(fā)育及精神發(fā)育測評、兒童營養(yǎng)評價，聽力篩查、視力篩查、超聲骨密度檢查、超聲骨齡檢查、智力篩查、智力測評、0-1歲52項神經(jīng)運動檢查、氣質測評、鉛損傷篩查、血鉛測查、微量元素測評、血常規(guī)測查、25羥維生素D檢測、注意力測評與訓練、孤獨癥測評、人體成分測查、早期發(fā)育訓練、語言測評、語言障礙訓練、保健咨詢以及健康教育，兒童免疫規(guī)劃等多項與保健相關的服務，同時也可接納幼兒園、中小學生集體兒童的健康體檢工作。其中，小兒生長發(fā)育與營養(yǎng)、精神發(fā)育測評與早期干預是中心的工作重點及亮點。

北京兒童醫(yī)院保健中心還承擔著首都醫(yī)科大學兒科系學生兒童保健部分的教學工作。并曾多次承擔世界衛(wèi)生組織、兒基會以及國際多中心合作等項目工作。

北京兒童醫(yī)院技術力量雄厚。擁有重點學科兒科學，國家兒童腫瘤監(jiān)測中心、國家呼吸系統(tǒng)疾病臨床醫(yī)學研究中心、國家中西醫(yī)協(xié)同旗艦醫(yī)院試點單位等12個平臺，8個國家臨床重點?？?，5個北京市重點實驗室，2個北京市級研究平臺以及16個市級醫(yī)療中心。醫(yī)院設有疑難罕見病例會診中心和遠程會診中心，兒科疑難重癥疾病的診斷水平居國內地位，是中華醫(yī)學會兒科學分會、兒外科分會，中國醫(yī)師協(xié)會小兒外科醫(yī)師分會，中華護理學會兒科專業(yè)委員會主任委員單位。

北京兒童醫(yī)院積極發(fā)揮學科龍 頭作用，領航兒科行業(yè)發(fā)展。2013年牽頭組建北京兒童醫(yī)院集團，創(chuàng)新“病人不動、醫(yī)生移動”的模式服務全國患兒，目前理事單位成員已達57家。醫(yī)院與美國、俄羅斯、加拿大、意大利、澳大利亞、瑞典、德國、法國、日本、新加坡等國家的兒童醫(yī)療機構和科研院所建立了良好的關系和廣泛的合作，是科技部認定的兒童重大疾病國際科技合作基地。