醫(yī)院擁有教育部兒科學國家重點學科和教學團隊，是首都醫(yī)科大學兒科醫(yī)學院和兒科學系所在地，現(xiàn)有教授、副教授116人，承擔著本科及博士、碩士研究生、七年制兒科專業(yè)，護理大專及繼續(xù)醫(yī)學教育等多層次教學任務，并設有博士后流動站，每年為社會輸送大量兒科人才。

2001年，在胡亞美院士和吳敏媛教授的直接領導下，成立北京兒童醫(yī)院血液病中心造血干細胞移植專業(yè)組，是國內(nèi)早系統(tǒng)開展兒童造血干細胞移植工作的中心之一。2021年，在原有血液腫瘤中心干細胞移植病房基礎上，成立了北京兒童醫(yī)院干細胞移植科，同年 6月，干細胞移植科在北京兒童醫(yī)院保定醫(yī)院，成立了我國北方、保定的兒童造血干細胞移植中心，現(xiàn)干細胞移植科分為2個病區(qū)，北京病區(qū)（本部）和保定病區(qū)， 2個病區(qū)共20間百級移植倉，6間千級移植倉，2個干細胞采集室，1個干細胞實驗室，每年進行150-250例造血干細胞移植，是目前我國北方的兒童造血干細胞移植中心，秦茂權(quán)帶領其團隊分別長駐北京和保定同時開展干細胞移植工作，保證及管理的同質(zhì)化。

耳鼻咽喉頭頸外科學科帶頭人倪鑫，國家兒童醫(yī)學中心主任，首都醫(yī)科大學附屬北京兒童醫(yī)院院長，主任醫(yī)師，教授，博士生導師。

耳鼻咽喉頭頸外科教授團隊:倪鑫、鄭軍、葛文彤、張杰、劉海紅、許志飛、郭永麗、王生才等。

首都醫(yī)科大學附屬北京兒童醫(yī)院耳鼻咽喉頭頸外科于1975年建科，2023年4月獲批國家重點臨床專科，成立至今已經(jīng)有近50年歷史。科室面向全國兒童患者，以診治耳鼻咽喉及頭頸部常見病和疑難危重疾病為主，是中華醫(yī)學會耳鼻咽喉頭頸外科分會小兒學組組長單位和中國醫(yī)師協(xié)會耳鼻咽喉頭頸外科分會小兒學組組長單位?，F(xiàn)下設四個臨床專業(yè)和三大臨床診療中心，即耳科專業(yè)、鼻科專業(yè)、咽喉專業(yè)和頭頸專業(yè)以及兒童睡眠中心、兒童聽力診療中心和人工耳蝸中心。依托國家兒童醫(yī)學中心發(fā)展平臺，聯(lián)合首都醫(yī)科大學兒童上氣道阻塞性疾病臨床診療與研究中心、兒童耳鼻咽喉頭頸外科疾病北京市重點實驗室兩大科研支撐平臺，進行臨床-科研-教學三位一體的學科建設，目前已基本建成國內(nèi)、國際先進的兒童耳鼻咽喉頭頸疾病綜合性基礎和臨床研究平臺。

科室現(xiàn)擁有醫(yī)療床位34張，睡眠中心床位12張，年門診量約20萬人次，年手術(shù)量3500余例?？剖夜灿嗅t(yī)師46人、研究員2人、副研究員1人及技術(shù)人員18人。醫(yī)師中主任醫(yī)師18人，副主任醫(yī)師12人，主治醫(yī)師9人，住院醫(yī)師7人?？剖椰F(xiàn)有教授5人，副教授2人，講師9人;博士研究生導師6人，碩士研究生導師1人。

科室擁有多種國內(nèi)外的耳鼻咽喉頭頸外科醫(yī)療設備，如達芬奇機器人操作系統(tǒng)，美敦力顱神經(jīng)電生理監(jiān)測系統(tǒng)，美敦力ENT電磁導航系統(tǒng)，超聲刀系統(tǒng)，蔡司顯微鏡，STORZ超高清鼻內(nèi)鏡系統(tǒng)等，可充分滿足對兒童耳鼻咽喉頭頸外科所有病種的臨床診療需求。

目前眼科設有斜弱視、神經(jīng)眼科、角膜病、眼整形、淚道病、青光眼、白內(nèi)障、眼底病、眼腫瘤等專業(yè)。北京兒童醫(yī)院及托管醫(yī)院眼科共有病床49張，年均手術(shù)量5700余例，其中內(nèi)眼手術(shù)約1300例，每年接診來自全國各地的眼病患兒約27.8萬人次。在小兒斜弱視、近視、淚道疾病、眼整形、兒童角膜移植、眼腫瘤、眼底病篩查及、視神經(jīng)疾病、遺傳性眼病、青光眼白內(nèi)障診治、微創(chuàng)玻璃體切割手術(shù)及角膜塑形鏡、兒童RGP鏡片及特種眼鏡驗配等方面積累了豐富的經(jīng)驗。