醫(yī)院技術(shù)力量雄厚。擁有重點(diǎn)學(xué)科兒科學(xué)，國(guó)家兒童腫瘤監(jiān)測(cè)中心、國(guó)家呼吸系統(tǒng)疾病臨床醫(yī)學(xué)研究中心、國(guó)家中西醫(yī)協(xié)同旗艦醫(yī)院試點(diǎn)單位等12個(gè)平臺(tái)，8個(gè)國(guó)家臨床重點(diǎn)專(zhuān)科，5個(gè)北京市重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室，2個(gè)北京市級(jí)研究平臺(tái)以及16個(gè)市級(jí)醫(yī)療中心。醫(yī)院設(shè)有疑難罕見(jiàn)病例會(huì)診中心和遠(yuǎn)程會(huì)診中心，兒科疑難重癥疾病的診斷水平居國(guó)內(nèi)地位，是中華醫(yī)學(xué)會(huì)兒科學(xué)分會(huì)、兒外科分會(huì)，中國(guó)醫(yī)師協(xié)會(huì)小兒外科醫(yī)師分會(huì)，中華護(hù)理學(xué)會(huì)兒科專(zhuān)業(yè)委員會(huì)主任委員單位。

北京兒童醫(yī)院先后獲得“全國(guó)文明單位”“首都文明單位標(biāo)兵”“首都文明服務(wù)示范窗口”“專(zhuān)科醫(yī)院”“雙十佳人民滿(mǎn)意醫(yī)院”“北京三甲醫(yī)院”榮譽(yù)稱(chēng)號(hào)及“首都勞動(dòng)獎(jiǎng)狀”“全國(guó)五一勞動(dòng)獎(jiǎng)狀”。

2001年，在胡亞美院士和吳敏媛教授的直接領(lǐng)導(dǎo)下，成立北京兒童醫(yī)院血液病中心造血干細(xì)胞移植專(zhuān)業(yè)組，是國(guó)內(nèi)早系統(tǒng)開(kāi)展兒童造血干細(xì)胞移植工作的中心之一。2021年，在原有血液腫瘤中心干細(xì)胞移植病房基礎(chǔ)上，成立了北京兒童醫(yī)院干細(xì)胞移植科，同年 6月，干細(xì)胞移植科在北京兒童醫(yī)院保定醫(yī)院，成立了我國(guó)北方、保定的兒童造血干細(xì)胞移植中心，現(xiàn)干細(xì)胞移植科分為2個(gè)病區(qū)，北京病區(qū)（本部）和保定病區(qū)， 2個(gè)病區(qū)共20間百級(jí)移植倉(cāng)，6間千級(jí)移植倉(cāng)，2個(gè)干細(xì)胞采集室，1個(gè)干細(xì)胞實(shí)驗(yàn)室，每年進(jìn)行150-250例造血干細(xì)胞移植，是目前我國(guó)北方的兒童造血干細(xì)胞移植中心，秦茂權(quán)帶領(lǐng)其團(tuán)隊(duì)分別長(zhǎng)駐北京和保定同時(shí)開(kāi)展干細(xì)胞移植工作，保證及管理的同質(zhì)化。

目前科室開(kāi)展異基因造血干細(xì)胞移植和自體造血干細(xì)胞移植，異基因造血干細(xì)胞移植包括HLA配型全相合移植和半相合(單倍體)移植，干細(xì)胞來(lái)源包括骨髓、外周血、臍帶血。目前造血干細(xì)胞移植千余例，其中2/3為單倍體造血干細(xì)胞移植。病種包括白血病、淋巴瘤、神經(jīng)母細(xì)胞瘤、再生障礙性貧血、噬血細(xì)胞綜合征、慢性EB病毒感染等兒童血液腫瘤疾病，也包括石骨癥、腦白質(zhì)營(yíng)養(yǎng)不良、免疫缺陷病等先天遺傳代謝性疾病。依托于國(guó)家兒童醫(yī)學(xué)中心多學(xué)科技術(shù)支持，對(duì)難治/復(fù)查白血病及腫瘤疾病、先天遺傳代謝病、免疫相關(guān)疾病、小年齡組患兒以及復(fù)雜重癥病例的移植經(jīng)驗(yàn)豐富，現(xiàn)為國(guó)內(nèi)的石骨癥的移植中心，同時(shí)在噬血細(xì)胞綜合征及慢性活動(dòng)性EB病毒感染及相關(guān)疾病的也處于國(guó)際水平。結(jié)合兒科病人的特點(diǎn)，相對(duì)于其他移植中心，更注重了對(duì)移植前后病人的生存質(zhì)量、營(yíng)養(yǎng)管理、生長(zhǎng)發(fā)育的監(jiān)測(cè)及干預(yù)。設(shè)有由專(zhuān)業(yè)醫(yī)護(hù)、心理及醫(yī)務(wù)社工團(tuán)隊(duì)組成的舒緩小組，對(duì)患兒進(jìn)行疼痛癥狀管理，患兒及家長(zhǎng)的心理疏導(dǎo)，進(jìn)一步提高患兒的生存質(zhì)量。